口服奥美拉唑之后可引起消化系统的副作用,如口干、轻度恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻和腹痛,还可引起丙氨酸氨基转移酶、天门冬氨酸氨基转移酶和胆红素的明显升高,但这些症状一般是轻度和短暂的,且大多数不会影响治疗。
但在长期使用奥美拉唑治疗患者的胃体标本中可以观察到萎缩性胃炎的表现。神经精神系统也可能有感觉异常、头晕、头痛、嗜睡和周围神经炎的症状。
此外,长期服用奥美拉唑也可能导致维生素B12缺乏,长期用药还可能引发胃部的癌症。