调节肠道菌群的药物大多是可以构建肠道微生态环境平衡的微生态制剂,常用药物比如:复方嗜酸乳杆菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌胶囊、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、双歧杆菌四联活菌片、口服蜡样芽孢杆菌活菌制剂、乳酸菌素片、地衣芽孢杆菌胶囊、酪酸梭菌二联活菌胶囊、复合乳酸菌胶囊、凝结芽孢杆菌活菌片、布拉氏酵母菌散等。